Le lagunage naturel est un procédé de traitement biologique des eaux usées particulièrement bien adapté aux petites collectivités (moins de 2000 habitants).
L'eau usée arrive d'abord dans les pré-taitements (dégrilleur, dessablage) qui éliminent les parties solides et les graisses. Puis les eaux usées sont envoyées dans un bassin de 1,20m de hauteur d'eau où l'épuration démarre sous l'action combinée de :
bactéries qui, en présence d'oxygène, vont se multiplier, assimiler la matière organique et produire du gaz carbonique, des nitrates et des phosphates.
micro-algues présentes naturellement et qui, exposées à la lumière du soleil, vont oxygéner les eaux du bassin par l'action de la photosynthèse. Les apports en oxygène proviennent également pour partie des échanges gazeux qui s'effectuent à l'interface air ambiant / plan d'eau.
L'épuration démarre dans ce premier bassin dit « à microphytes », se poursuit et s'achève ensuite dans des bassins moins profonds (0,20m à 0,40m de hauteur d'eau) garnis de plantes « macrophytes », (joncs, roseaux, iris...) qui vont se développer en utilisant les éléments produits précédemment (nitrates, phosphates...).
Pour éviter toute contamination de l'eau, les plantes (macrophytes) sont faucardées (coupe et enlèvement des parties aériennes) avant l'hiver. C'est l'une des principales activités d'entretien, avec le curage des bassins à microphytes.